檢測snp多態(tài)性的方法(SNP檢測方法)
1.SNP檢測方法有哪些
但不管哪一種方法，首先必須進(jìn)行靶序列的擴(kuò)增，然后才能進(jìn)行其它檢測。
傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù)，如DNA測序、限制性酶切片段長度多態(tài)性（RFLP）、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）、等位基因特異 的寡聚核苷酸雜交（ASO）等。這些技術(shù)雖在某種程度上能完成對(duì)SNP的檢測，但由于它們必須通過凝膠電泳進(jìn)行檢測，因此，距快速、高效、自動(dòng)化的目標(biāo)還 相差甚遠(yuǎn)。
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分，測序技術(shù)既費(fèi)時(shí)費(fèi)力，又不易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化，而且DNA鏈的二級(jí)結(jié)構(gòu)還容易造成人工假相，使測序結(jié)果出現(xiàn) 偏差，不適宜于SNP的檢測；SSCP則很難滿足自動(dòng)化的需要，難以大規(guī)模開展工作。因此，這些方法均未被廣泛采用。
DNA芯片技術(shù)是近年來新開發(fā)的一種DNA序列變異檢測工具。DNA芯片（DNA chip），也稱生物芯片（biochip），其大小與計(jì)算機(jī)上的CPU芯片相似，約1 cm2或更大些，以玻璃、硅、聚丙烯等作 為載體基片，芯片上鋪了一層肉眼看不見的DNA纖維“地毯”，即具有特定堿基序列的探針。
待測基因經(jīng)提取后，被切成長短不一的片段，經(jīng)熒光化學(xué)物質(zhì)標(biāo)記 后，注射到嵌有芯片的載片上。
2.什么是SNP SNP怎么檢測
SNP，即單核苷酸多態(tài)性，這種人類最常見的可遺傳變異占據(jù)了所有已知多態(tài)性的90%以上，因此作為研究個(gè)體對(duì)不同疾病的易感性或者個(gè)體對(duì)特定藥物的不同反應(yīng)有著重要的意義，也因此國際人類基因研究學(xué)會(huì)花費(fèi)大量的資金來完成人類單體型圖譜。
SNP分析從根本上來說其實(shí)就是確定一對(duì)染色體的每種基因的兩個(gè)拷貝，哪種點(diǎn)突變?cè)谶@兩個(gè)拷貝中存在，因此利用定量PCR方法，并配合芯片技術(shù)可以快速靈敏的檢測到SNP結(jié)果。ABI號(hào)稱有數(shù)以千記的定量PCR試劑盒，自然在這方面也不會(huì)留下空白，TaqMan SNP Genotyping Assays包含了一百萬的HapMap SNPs（人類單核苷酸多態(tài)性圖譜SNPs），方便SNP分型高通量研究。
傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù)，如DNA測序、限制性酶切片段長度多態(tài)性（RFLP）、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）、等位基因特異 的寡聚核苷酸雜交（ASO）等。這些技術(shù)雖在某種程度上能完成對(duì)SNP的檢測，但由于它們必須通過凝膠電泳進(jìn)行檢測，因此，距快速、高效、自動(dòng)化的目標(biāo)還 相差甚遠(yuǎn)。
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分，測序技術(shù)既費(fèi)時(shí)費(fèi)力，又不易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化，而且DNA鏈的二級(jí)結(jié)構(gòu)還容易造成人工假相，使測序結(jié)果出現(xiàn) 偏差，不適宜于SNP的檢測；SSCP則很難滿足自動(dòng)化的需要，難以大規(guī)模開展工作。因此，這些方法均未被廣泛采用。
3.snp標(biāo)記怎樣判斷有具備多態(tài)性
SNP是分布在動(dòng)物基因組中非常常見的一種分子標(biāo)記。在人體中每1000bp就可能有一個(gè)SNP。需找SNP的目的是為了做連鎖分析，在現(xiàn)在先進(jìn)的技術(shù)里，還可以做全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）。
然后說說標(biāo)簽SNP，這個(gè)涉及到單倍型的問題（對(duì)單倍型稍微講解一下！三個(gè)SNP假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，但不是說這些突變?cè)趩伪扼w染色體上里是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT，另一條是CCA）。因?yàn)樵诨蚪M中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個(gè)區(qū)域可大可小，組成一個(gè)單倍型框，在區(qū)域里也會(huì)存在多多少少的SNP。人們沒有必要把這些SNP都找出來，因?yàn)樗鼈兺拖袷抢壴谝黄鸬摹Ｓ谑菑闹羞x出一個(gè)代表性的SNP，它可以反映這個(gè)區(qū)域的情況。然后就方便人們繼續(xù)做關(guān)聯(lián)分析！繼人類基因組計(jì)劃之后，還做了單倍型的圖譜。這也是標(biāo)簽SNP的應(yīng)用。講的夠清楚吧，呵呵……希望理解，謝謝。
4.基因多態(tài)性的主要檢測方法有哪些
1.限制性片段長度多態(tài)性（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）：由DNA 的多態(tài)性，致使DNA 分子的限制酶切位點(diǎn)及數(shù)目發(fā)生改變，用限制酶切割基因組時(shí)，所產(chǎn)生的片段數(shù)目和每個(gè)片段的長度就不同，即所謂的限制性片段長度多態(tài)性，導(dǎo)致限制片段長度發(fā)生改變的酶切位點(diǎn)，又稱為多態(tài)性位點(diǎn)。最早是用Southern Blot/RFLP方法檢測，后來采用聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）與限制酶酶切相結(jié)合的方法。現(xiàn)在多采用PCR-RFLP法進(jìn)行研究基因的限制性片段長度多態(tài)性。
2.單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）：是一種基于單鏈DNA構(gòu)象差別的點(diǎn)突變檢測方法。相同長度的單鏈DNA如果順序不同，甚至單個(gè)堿基不同，就會(huì)形成不同的構(gòu)象。在電泳時(shí)泳動(dòng)的速度不同。將PCR產(chǎn)物經(jīng)變性后，進(jìn)行單鏈DNA凝膠電泳時(shí)，靶DNA中若發(fā)生單個(gè)堿基替換等改變時(shí)，就會(huì)出現(xiàn)泳動(dòng)變位（mobility shift），多用于鑒定是否存在突變及診斷未知突變。
5.snp標(biāo)記怎樣判斷有具備多態(tài)性
SNP是分布在動(dòng)物基因組中非常常見的一種分子標(biāo)記。
在人體中每1000bp就可能有一個(gè)SNP。需找SNP的目的是為了做連鎖分析，在現(xiàn)在先進(jìn)的技術(shù)里，還可以做全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）。
然后說說標(biāo)簽SNP，這個(gè)涉及到單倍型的問題（對(duì)單倍型稍微講解一下！三個(gè)SNP假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，但不是說這些突變?cè)趩伪扼w染色體上里是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT，另一條是CCA）。因?yàn)樵诨蚪M中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個(gè)區(qū)域可大可小，組成一個(gè)單倍型框，在區(qū)域里也會(huì)存在多多少少的SNP。
人們沒有必要把這些SNP都找出來，因?yàn)樗鼈兺拖袷抢壴谝黄鸬?。于是從中選出一個(gè)代表性的SNP，它可以反映這個(gè)區(qū)域的情況。
然后就方便人們繼續(xù)做關(guān)聯(lián)分析！繼人類基因組計(jì)劃之后，還做了單倍型的圖譜。這也是標(biāo)簽SNP的應(yīng)用。
講的夠清楚吧，呵呵……希望理解，謝謝。
6.SNP基因分型的常見方法有哪些
SNP基因分型的常見方法有如下幾種：
1. TaqMan探針法 針對(duì)染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和TaqMan探針，進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增。探針的5'-端和3'-端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。當(dāng)溶液中存在PCR產(chǎn)物時(shí)，該探針與模板退火，即產(chǎn)生了適合于核酸外切酶活性的底物，從而將探針5'-端連接的熒光分子從探針上切割下來，破壞兩熒光分子間的PRET，發(fā)出熒光。通常用于少量SNP位點(diǎn)分析。
2.SNaPshot法 該技術(shù)由美國應(yīng)用生物公司（ABI）開發(fā)，是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測序，主要針對(duì)中等通量的SNP分型項(xiàng)目。在一個(gè)含有測序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點(diǎn)5'-端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中，引物延伸一個(gè)堿基即終止，經(jīng)ABI測序儀檢測后，根據(jù)峰的移動(dòng)位置確定該延伸產(chǎn)物對(duì)應(yīng)的SNP位點(diǎn)，根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對(duì)于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。通常用于10-30個(gè)SNP位點(diǎn)分析。
3.HRM法 高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實(shí)時(shí)監(jiān)測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點(diǎn)、是否是雜合子等都會(huì)影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點(diǎn)與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點(diǎn)與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解，即可完成對(duì)樣品基因型的分析。該方法無需設(shè)計(jì)探針，操作簡便、快速，成本低，結(jié)果準(zhǔn)確，并且實(shí)現(xiàn)了真正的閉管操作。
4.Mass Array法 MassARRAY分子量陣列技術(shù)是Sequenom公司推出的世界上領(lǐng)先的基因分析工具，通過引物延伸或切割反應(yīng)與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術(shù)相結(jié)合，實(shí)現(xiàn)基因分型檢測。基于MassARRAY平臺(tái)的iPLEX GOLD技術(shù)可以設(shè)計(jì)最高達(dá)40重的PCR反應(yīng)和基因型檢測，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)靈活，分型結(jié)果準(zhǔn)確性高。根據(jù)應(yīng)用需要，對(duì)數(shù)十到數(shù)百個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測時(shí)，MassARRAY具有最佳的性價(jià)比，特別適合于對(duì)全基因組研究發(fā)現(xiàn)的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，或者是有限數(shù)量的研究位點(diǎn)已經(jīng)確定的情況。
5.Illumina BeadXpress法 采用Illumina公司的BeadXpress系統(tǒng)進(jìn)行批量SNP位點(diǎn)檢測，可以同時(shí)檢測1-384個(gè)SNP位點(diǎn)，往往用于基因組芯片結(jié)果確認(rèn)，適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復(fù)性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點(diǎn)，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測篩選速度，在高通量篩選時(shí)可顯著降低成本。
