這個是最著名的，也是說司馬遷為何遭受宮刑的 公元前99年（天漢二年），漢武帝派貳師將軍李廣利帶兵三萬，攻打匈奴，打了個大敗仗，幾乎全軍覆沒，李廣利逃了回來。
李廣的孫子李陵當(dāng)時擔(dān)任騎都尉，帶著五千名步兵跟匈奴作戰(zhàn)。單于親自率領(lǐng)三萬騎兵把李陵的步兵團(tuán)團(tuán)圍困住。
盡管李陵的箭法十分好，兵士也十分勇敢，五千步兵殺了五六千名匈奴騎兵.單于調(diào)撥更多的兵力，然而仍然無力與李陵相抗衡。在單于準(zhǔn)備退軍之時，李陵手下有一名軍候侯敢叛變，將李陵內(nèi)部軍情告發(fā)。
告訴單于李陵后面沒救兵，而且教單于部下制作連發(fā)連射的弓箭。單于于是繼續(xù)與李陵作戰(zhàn)。
最后李陵寡不敵眾，只剩了四百多漢兵突圍出來。李陵被匈奴逮住，投降了。
大臣們都譴責(zé)李陵不該貪生怕死，向匈奴投降。漢武帝問太史令司馬遷，聽聽他的意見。
司馬遷說：“李陵帶去的步兵不滿五千，他深入到敵人的腹地，打擊了幾萬敵人。他雖然打了敗仗，可是殺了這么多的敵人，也可以向天下人交代了。
李陵不肯馬上去死，準(zhǔn)有他的主意。他一定還想將功贖罪來報答皇上。”
漢武帝聽了，認(rèn)為司馬遷這樣為李陵辯護(hù)，是有意貶低李廣利（李廣利是漢武帝寵妃的哥哥），勃然大怒，說：“你這樣替投降敵人的人強辯，不是存心反對朝廷嗎？”他就把司馬遷下了監(jiān)獄，交給廷尉審問。司馬遷被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄以后，案子落到了當(dāng)時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴(yán)刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。
面對酷吏，他始終不屈服，也不認(rèn)罪。司馬遷在獄中反復(fù)不停地問自己“這是我的罪嗎？這是我的罪嗎？我一個做臣子的，就不能發(fā)表點意見？”不久，有傳聞?wù)f李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。
漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。
第二年漢武帝殺了李陵全家，處司馬遷以宮刑。腐刑是個大辱，污及先人，見笑親友。
司馬遷在獄中，又備受凌辱，“交手足，受木索，暴肌膚，受榜棰，幽于圜墻之中，當(dāng)此之時，見獄吏則頭搶地，視徒隸則心惕息?！保ㄋ抉R遷《報任安書》）幾乎斷送了性命。
他本想一死，但想到自己多年搜集資料，說：“人固有一死，或重于泰山，或輕于鴻毛?！?。
要寫部有關(guān)歷史書的夙愿，因此為了完成《史記》的寫作，忍辱負(fù)重，希望出現(xiàn)一線轉(zhuǎn)機。
李陵兵敗的消息傳到長安后，武帝本希望他能戰(zhàn)死，后聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱贊李陵的英勇，卻附和漢武帝，指責(zé)李陵的罪過。
漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風(fēng)使舵的大臣，盡力為李陵辯護(hù)。他認(rèn)為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的風(fēng)范。
司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們?nèi)缃褚娎盍瓿霰焕?，就一味地落井下石，夸大其罪名。司馬遷對漢武帝盛言：“陵事親孝，與士信，常奮不顧身以殉國家之急。
其素所畜積也，有國士之風(fēng)。今舉事一不幸，全軀保妻子之臣隨而媒蘗其短，誠可痛也！且陵提步卒不滿五千，深輮戎馬之地，抑?jǐn)?shù)萬之師，虜救死扶傷不暇，悉舉引弓之民共攻圍之。
轉(zhuǎn)斗千里，矢盡道窮，士張空拳，冒白刃，北首爭死敵，得人之死力，雖古名將不過也。身雖陷敗，然其所摧敗亦足暴于天下。
彼之不死，宜欲得當(dāng)以報漢也。（李陵只率領(lǐng)五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰(zhàn)，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。
在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。
李陵自己雖陷于失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫于天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當(dāng)?shù)臋C會再報答漢室）” 司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣?